كما تلخصت أهم توصياته، أن الإسلام يتضمن منظومة متكاملة من المبادئ والقواعد الكلية في تحقيق التعايش السلمي بين المسلمين وغيرهم، بحيث تتحقق لغير المسلمين حقوق المواطنة بالكامل، كما يؤكد أن الحوار بالأحسن هو الطريق الوحيد لإزالة الخلافات، إن وجدت، وشدد المؤتمر على أن وحدة المسلمين، خاصة الحركات والجماعات الإسلامية هي الطريق الوحيد للانطلاق نحو الآخر والحوار معه حوارا مجديا ومحققا للنتائج المطلوبة، مؤكدا أن وحدة المسلمين فريضة شرعية وضرورة واقعية، ومن هنا يندد المؤتمر بكل محاولات نزع هذه الوحدة، ويثير الفتنة بين المسلمين.

كما أوصى المؤتمر بضرورة التفرقة بين ما يطلق عليه "حوار الأديان" الذي قد يحمل في طياته نوايا وأجندات استعمارية، وبين "حوار أهل الأديان"، والذي يبحث عن أسس مشتركة للتعايش والتعاون، كما أوصى المؤتمر المسلمين بأهمية الإقرار بالاختلافات القومية والعرقية والدينية، كسنة من سنن الله في خلقه، والاقتداء بهدى النبي "صلى الله عليه وسلم" في التعامل مع المخالفين، وعدم تعميم الأحكام على الآخرين، وتعزيز سبل الحوار والتعايش معهم في حدود الحرية الدينية والبعد عن الصراع والتناحر.

وكذلك تعميق فقه المواطنة في دوائر البحث الإسلامية على أساس أن "لهم ما لنا وعليهم ما علينا" وعلى التساوي في الحقوق والواجبات، كما أوصى المؤتمر الإسلاميين المشتغلين بالسياسة بضرورة فتح آفاق الحوار مع الآخر السياسي من كل الأطراف والوصول إلى قناعات مشتركة، انطلاقا من أرضية وطنية يتفق عليها الجميع.